自从那次恐怖袭击之后，即便政府部门对于其他反恐机构应对突发状况的方式感到不满意，也依然不得不停止了CTU的运作。杰克·鲍尔（由基弗·萨瑟兰饰演）因以往曾使用过分手段来防止悲剧的发生而受到质疑和审查。最初他认为自己将在监狱里度过余生；但是，好友托尼（卡洛斯·博纳德饰）死而复生这一事实彻底打乱了他的生活秩序。托尼请求杰克帮助他调查美国本土再次发生的罪行。在深入挖掘的过程中，杰克逐渐产生疑虑：为何托尼会对他隐藏某些重要线索？虽然现政权给予杰克信任使二人得以踏上这条路，但不久之后，杰克发现真正的幕后黑手竟然是那个他曾并肩作战的老朋友——托。