本季事件发生在前三个月份后的一个季度里。此时，托尼（由卡洛斯·博纳德扮演）和米歇尔（由蕾可·艾尔丝沃斯饰演）成为夫妇，并负责领导CTU；同时，杰克的女儿金姆（由基弗·萨瑟兰饰演）加入CTU出任情报分析员。剧情始于一具被放置在洛杉矶健康服务中心门前、带有致命病毒的人体。一个墨西哥毒枭试图利用这种病菌作为筹码，以期释放其兄弟。于是，杰克重启了对恐怖分子活动的追查之路。但在这一季中，杰克遭遇重重困难—为了打入罪犯集团内部而不得不依赖毒品，这极大地影响了他的调查进度。白宫方面，在刚刚结束戒断过程并成功当选的新总统保罗莫（丹尼斯·海斯伯特 饰演）身边新增了一位私人家务助理护士。尽管面临着连任的压力及需要处理一场生物危机的情况，保罗莫任命了一个叫韦恩的人物（Paulo Lorenzoni 演绎）作为他的助手。民众疑惑的是，这次这位总统能否再度给杰克带来强有力的支。