关东与关西在无人察觉之时暗中角力，争夺主导权；隐匿于夜色中的忍者也紧随其后。来自关西的一批忍者子孙不断搅扰关东一方。与此同时，四名新生抵达东京某所女子学校，实际则是奉命保护这座城市的新一代忍者少女——JK忍者成员。