自9·11以后，全球社会迅速滑向衰败和毁灭的边缘。在2013年里，包括莫斯科、伦敦、上海和东京在内的多个国际大城市接连遭受超过9·11袭击的巨大恐怖事件，局势日益紧张。少年岛村乔（由宫野真守配声），手握奥林匹克圣火，在东京的一个角落降生，他是一名编号为009的人工智能生命体，初衷是为了维护世界和平。即使删除了过往的记忆，也无法使他完全隔绝于世事之外；经历了诸多变动后，终于再次与旧日伙伴们重逢：001伊万·沃斯克伊（由玉川纱基子配声）、002捷特·林格尔（由小野大辅配声）、003法兰索瓦兹·奥尔达内（由斋藤千和配声）、004埃伯哈德·海因里希（由大川透配声）、005所洛蒙·索尼娅（由田中晃之配声）、006张三（由増岡太郎配声）、以及007格林特·布鲁恩顿（由木谷裕行配声）。这些拥有超凡能力的存在将会携手迎接前所未有的挑战……。