人种间纷争已达极点，安野新人领导去世后，吉川（由北村一辉扮演）、当麻纱绫（由户田惠梨香饰演）及濑文焚流（由加濑亮出演）皆齐聚神秘总部，携手探寻J教授的真实面目。正当当麻揭示真相之际，警方内成年与儿童级别的SPEC持有者遭受重创。内心怒火让当麻无法抑制体内 SPEC 力量，随即失去理智地狂奔而出，现身御前会议现场。在犹大的监视（由向井理演绎）、世界观（由向井理角色代演）及其同僚润（由大岛优子扮演）见证下，《古兰经》中的第三条启示成真：天际突现恐怖的核爆炸烟柱，众多黑色鸟群蔽空而至，一个被贪欲腐蚀的世界正在走向灭亡边缘。此时此刻，当麻能否联手焚流逆转形势，阻止这一悲剧上演。