没有人料想到，七十年前那场充满谜团的罗斯威尔事件如今仍在深刻地改变着全人类的命运。虽然真相鲜少被人知晓，但它确确实实地存在。某日，前FBI探员福克斯·穆德（由大卫·杜楚尼饰演）与他最为信赖的老搭档、现职于某个教会医院的医师丹娜·斯科莉（吉莲·安德森饰）又开始了携手作战的新篇章。一名专注于揭露政府阴谋的电视节目主持人为此找到二人，并希望能借助他们的力量将政坛高层利用外星生物控制大众这一秘密公之于众。“X档案”的重启因此得以实现。曾几何时对那些离奇案件深感困惑的穆德，在斯科莉的支持下恢复信心并踏上新征程。在此过程中，一件件被隐瞒多年的真相对世人展露无遗，也暗示了一个令人恐惧的人类前景。