李时珍（由林文龙饰演），一个热衷于研究草药的知识分子，虽然已经与名为吴慕榕（李诗韵饰）的女子定了婚期，但仍无法抗拒心中对善良而美丽阿冬（叶璇饰）的感情吸引。怀着深深的爱意，他决定在完成了考察任务后再向阿冬坦白自己的感情；然而，命运似乎并不眷顾他，一系列巧合使他未能如愿向她求爱，反而是与吴慕榕结为夫妻。李时珍发现现有的医书中有许多错误的地方，于是产生了编撰一部全新的药物大全——《本草纲目》的愿望。但因为性情耿直，不慎得罪了一些朝廷高官，因此受到了排斥和压迫，不得不暂停了他的著述工作，并且还面临着生命的威胁，开始了颠沛流离的生活。幸运的是，他得到了太医院官员庞宪（马国明饰）的帮助和支持，终能完成这部伟大的医疗巨作，《本草纲目》。