在日本的一个偏远宁静岛屿—龙宫岛之上，居民们过着平静的生活。“你在那儿吗？”某日，遥远而又带着几分邪异气息的声音响起，紧接着，美丽却充满恶意的存在Festom从天空降下。事实上，早在29年前，包括龙宫岛在内的整个日本就已消失在世界版图之外，这一切的秘密随着Festom的到来逐一揭晓。伪装被一一拆穿，战事随即展开，昔日的和平再也无法重现。由于朋友作为Fafner驾驶员时遭遇不幸去世的事实，居住于龙宫岛的青年真壁一骑必须驾驶巨人机体Fafner来保护这块净土。他应该坚定不移地捍卫最后的一隅之地，还是胆怯地逃避眼前的真实？手持挚友總士的手枪，他踏上了这场未知结局的征程。