随着记者兼研究员凯尔·布洛克的引领，探寻理想中的微生物群体究竟存在与否。“最适微生态系统”之谜将通过他的旅程逐一揭开。此行起点为澳洲，随后前往纳米比亚，他将与其中的一支古老狩猎采集部落—桑族一同居住一段时期。在此过程中，布洛克将持续监测自身的微生物状态并观察它如何适应周围的变动条件；同时，他还从该社区居民处获取样本数据，以探究不同文化交流背景下的巨大差异性。纪录片《肠道日志》在消化内科权威托马斯·博罗迪教授、分子遗传学家玛吉·史密斯博士以及免疫学界翘楚米米·唐教授等多位业界精英详尽剖析下，展现了肠道菌群生态及其对人类健康可能带来的深远影响。