公元一九九九年，一颗无法识别的巨大“陨石”撞击了地球表面。随后的研究确认其实是艘外星飞船。出于修复飞船、抵消这次事件对环境造成的损害以及掩藏真相的目的，若干个国家联合建立了单一政权。这支队伍改装此船为长达千二百公尺的大规模战舰，并以源自德文且含义广阔的名称“马克洛斯”命名。其间，民众被划分为拥护和支持两个派系；然而在纷扰不断的努力之中，关于马克洛斯的各项改动并未停歇。十载过后，当于月球近轨庆祝它的启动仪式之际，一次宏大的时空瞬移活动突然发生在太空中。瞬间，马克洛斯的主力武器自行射击，摧毁了一架接近月亮的陌生舰队侦察器。鉴于这种情况，中央军事力量被迫进行了反击行动，使马克洛斯转换航线吸引敌人火力。一位年轻男子——名叫一条辉——偶然间卷入其中担任驾驶员，营救了一位名为林明美的少女，并邂逅了同属甲板的女指挥官——早赖未沙，则彼此互不认识……于是被称为“第一次星际冲突”的人际与外星种族间的斗争正式开始，而辉、明美和未沙之间错综复杂的情感互动亦随之深刻介入到战斗的情节发展里，终将成为扭转局面的重要变量。