200年前，超元世界的居民与来自外界的怪物发生了一次激战。为了抵挡强大的跨界的生物入侵，人们发明了超元卡装置并使用它来控制怪兽的力量以结束战斗。主人公云天自幼热爱参与超元卡比赛，但由于其体型特殊无法操控装有怪兽能量的超元卡。一天，在他父亲考察的一个古遗迹中，意外发现了个奇特的卡片盒。因此，云天决心寻找传说中的四块超元卡，希望能借此拯救失踪的哥哥。最后，在亲友们的告别后，云天踏上了这一旅程。