故事发生在明万历年间中国的某地，以崇高的声望广受敬仰的角色楚留香（由朱孝天饰演）来到一家叫作云来客栈的地方，在那里找到了号称世间最美女性的鱼尺素。另外，还有诸如左又铮、西门千等各大门派掌门人及乌孜别克国君主扎木合在内的旅客同在这家客栈里居住着。但不幸的是，一阵突如其来的大难降临了，由于喝了所谓的"天一神水"导致所有人中毒身亡。最后，神水宫官员认定这一切是被楚留香暗中设计所造成的。为了澄清自身的清白，也为故友鱼尺素复仇，楚留香决然踏上了调查这连串悲剧起源的道路。