1949年，人民解放军平定新疆，新疆军区组建，甘祖昌任后勤部副部长。期间，反动势力资助某些投机者搅乱市场价格，大量囤积金银币企图通过经济手段遏制我方部队的发展态势，甘祖昌果断以较低价格投放市面上，压制了这些人的嚣张气焰，并保持了市场的平稳及地区政治秩序的安定。后来，对方怀恨在心并策划了一场交通事故致使其受重创。同年，甘祖昌荣获少将军衔；他的老乡兼战友李保山则获得军官职位。由于不满甘祖昌的地位，李多次违规最终遭撤职遣返回家。伤愈之后，甘祖昌因脑震荡后的不适感觉不再适应军事工作环境，在目睹故乡虽然已经解放但依旧贫穷落后的情况下主动申请退伍返乡至江西省莲花县沿背村。回乡后，尽管任务艰巨，但他依然热心地投身到地方经济发展中去。面对重重困难，他积极参与水利设施改造、建造水库以及创办农业技术研究所等工作，极大地提升了当地民众的生活水平。甘祖昌淡泊名利的选择和服务精神成为了领导者的典范，是那个时代的人们学习的榜样。