在即将被处决之时苏醒过来的卡勒姆·林奇（由迈克尔·法斯宾德扮演），由于索菲娅（玛丽昂·歌迪亚饰）的选择而参与了一个目标在于终止人类罪行的计划中。借助Animus这种先进的虚拟机器体察祖先的记忆之后，卡勒姆了解到他是名叫阿奎莱亚的老牌刺客的后裔，并开始寻找可以控制思维的“伊甸苹果”。尽管不得不面对其父亲艾伦（杰瑞米·艾恩斯饰）造成的道德难题，操纵他回到过去的行为给身心带来了严重的伤害；然而，在穆萨（迈克尔·威廉姆斯饰）揭露了艾伦可能有危险意图的消息后，这使卡勒姆重新考虑了自己的选择和背后驱使的力量——这一切都发生在关键的关头，关系到能否保护人类的精神自由。