《打黑重案组》的故事发生于南方市，在此背景下当地公安局的打击黑恶势力工作组面临了一项复杂的任务。尽管他们在办案途中遇到了种种阻碍，并且多次被迫暂停了进度，负责案件的一群勇敢而坚定的警察及警方领导没有退缩，历经艰难困苦后彻底揭露真相并摧毁了一个影响广泛的地方性恶势力网络。事件发生在2006年秋季的一日清晨，滨州市内一名来自香港的乔氏房地产公司在该市项目的代表郑天京在其住处遭到杀害，其遗体随后被秘密掩埋到了一个建筑废弃物堆放区里。面对这一突发情况，市公安局局长陆啸天（由演员卢奇饰演）指派刑警队里的资深侦探兼重案小组负责人刘英杰（扮演者：祝延平），携同团队中的精英探员包括姚晃（吴樾）、依蔓（李伊蔓）、以及年轻力量“飞飞”（马廷诺）前往现场进行详细的勘查活动以搜集线索。为了避免任何可能泄露死因相关信息的风险，他们采取了一系列严格的行动措施确保信息的封闭性。通过进一步深入研究与分析，很快发现了嫌疑人郑天京身前曾与其所在城市的一大本地商业巨头——“龙心集团”的老板张先生和他的幕僚有着非同寻常的关系纽带；据资料显示这位自称拥有深厚背景之人的本名叫做张伟，早先就已卷入过地下犯罪团体当中并且现今掌握着两地之间的显著影响力。与此同时，先前被捕关押在异地监狱的大脚杀人犯（演员李槐龙诠释的角色）自新区域越狱之后再次返回到滨城境内，并得到了长期雇主张伟的秘密庇护之下未现身示威取乐。不过，由于极度憎恨之前给他带来伤害感的人类敌人——即前去追捕自己的刘英杰，这使得大脚一直暗怀恶意意图对其下手予以致命攻击。“英勇小分队”之一名为李晓的小李子则联合地方上的同事共同实施了对这名逃脱罪人展开的追逐与捕捉努力；然而狡猾如狐般多变的战略家虽然几次企图摆脱他们的束缚却始终未能成功逃离法律制裁的手掌范围之内。知晓弟子大脚的行为已引起重大关注后果之后，作为幕后指挥者的张伟不得不对其进行严厉责备并通过安排将其限制在一个高度安全化房间内完成电子通讯操作的方式加强控制力度以防万。