《毒枭：墨西哥》第二季继续叙述了米格尔·安赫尔·费利斯·加拉多的故事，他现为瓜达拉哈拉贩毒集团头目，努力保持对各方面事务的掌控同时扩大自己的势力范围。尽管他在权力斗争中寻求平衡背叛与付出，但随着各地毒品网络间的冲突加剧，他对大局的影响力开始减弱。此外，由于缉毒局警官乔希·卡马雷纳遇害引发的一系列暴力复仇事件及政治腐败的影响，一场名为“莱茵达行动”的反毒活动由忠于缉毒局的侦探沃特·布拉塞尔领导，频繁使用极端措施针对费利斯·加拉多和他的盟友，导致整个毒品帝国陷入更深的动荡之中。