在前一集里，因三号机驾驶员巴武藏的献身，他们终于战胜了恐龙帝国；但是，一个新的对手也随之登场—由独角生物组成的百鬼帝国试图掌控全球。为对抗这股势力，车弁庆被招入担任新手驾驶员的角色，同时，改良型机器人盖塔G也在早乙女研究室的支持下加入了战场行列。