水中新增了四条生命，其中之一是哈罗徳的女儿伊莎贝拉。但她身上布满了丑陋的斑点，还缺了好几片鳞甲，看起来与其他鱼很不一样。同伴们因此嘲笑她。作为群中的首领塞斯敦指示哈罗德隐瞒伊莎贝拉的存在以防被外人识破而赶走。不过，出于对世界的好奇，伊莎贝拉终究还是在人类面前露面了，并随她的父亲航行到辽阔的深海里。突然来袭的一场暴风雨把原本困在水族馆里的鱼都卷到了大海中。在这个过程中，伊莎贝拉偶然遇见了雅佩，并加入了一伙同样具有特殊身体特征的朋友队伍，这群朋友也被同种族嫌弃。受到雅佩带领下的旅程充满了挑战，伊莎贝拉和她的新友们决心穿越一个个活跃的火山来到珊瑚生长的地方寻找失踪已久的父亲哈罗德。另一边，孤立无援的哈罗德携带着名为卡尔的海胆进行搜索但一无所获，在痛苦绝望之时被迫离开家乡追随其他群体远行。经历了漫长的跋涉翻过陡峭的山脉后，伊莎贝拉终于抵达目的地并与分别已久的爸爸再次相遇；更重要的是她在途中惊喜地发现统治这片海域的珊瑚女王竟是自己的母亲！一家人喜极而泣，终于团圆。