当印尼刚刚宣告独立之际，重新面临的威胁便是盟军的再次入侵。为增进社群成员（含宗教领导人）以及印度尼西亚军队间的合作，防止出现割据状态，哈姆卡决定到棉兰巡讲。然而，这一举动终使他遇害。幸运的是，哈姆卡侥幸生还并迁往雅加达，于此建立了艾资哈尔大学以表彰其对国事的支持。但不幸的是，后人控诉哈姆卡曾参与反对苏加诺政权的叛乱，导致他被捕受虐，并被迫撰写认罪声明。即使在高压下，哈姆卡依旧坚强，《艾资哈尔经注》正是在此期间形成的智慧成果。