未来不久，网络黑客尼奥（由基纽·李维饰演）对当前的世界产生了怀疑。他遇到了黑客组织成员崔妮蒂（凯莉·安·莫丝饰），并在与领导黑客集团的墨菲斯（卢艾恩·费舍尔饰演）见面后得知，所谓的现实世界实际上是被称作“母体”的计算机智能体系所控制，人类就如同其饲养的动物一样失去了自由和平等的机会；尼奥则是能够拯救人类的大英雄。不过，拯救之路充满了艰难险阻，前路未知。