当最后一个季度结束之际，克隆人的威胁暂时消退，克隆人姐妹们的生活看似重新归于平静，但潜藏在过去的危险之中依然有未解之谜——Nevolution组织正在操控Leda、Castor、Dyad和Topside的走向。从冰岔回到安全居所后，Sarah遇到了一位新的秘密盟友，这位人物是故事起点的关键所在，她就是Beth Childs。借助黑客Dizzy的帮助，Sarah不得不跟随Beth的脚步探索真相，并逐步揭示出一个强敌的真实面目。面对亲人的生命危急，这给Sarah造成了巨大的精神压力；与此同时，克隆人姐妹之间开始分化，各自朝着不同的道路迈进。要想度过此次考验，她们必须前所未有地团结协作以求生存。