“候鸟e人”的故事围绕几为关心候鸟生存环境的年轻人展开，讲述了他们之间一段始于西港湿地的爱情故事。“候鸟e人”象征着不同迁徙路径，包括从小青家乡七股至邵韩所在关渡，再延伸至遥远的马祖荒岛乃至现代化的大城市台北等地的文化变迁。尽管小青、邵韩和湘子三位角色有着相近的生活步调并互相扶持，但他们各自在寻找个性化的爱情方式中遭遇抉择困境。在网上相识后再次相聚，这些“候鸟e人”不仅是虚拟世界中的朋友，也在现实生活中紧密相连。一次偶然的机会，邵韩和小青在外观看鸟类时相遇，最初两人互有戒备；另一方面，邵韩的好友小汪也被小青深深吸引。随着面对面交谈逐渐增加，他们的内心波动愈发微妙—究竟应该坚守纯洁友情还是大胆拥抱新恋情？此外，邵韩坚信逝去的心爱之人湘子并未真正离世这一信念使他陷入往昔的伤感与未来不确定性的矛盾之中：该如何面对眼前的爱情挑战及其所引发的过去责任之间的矛盾？朴实真诚的邵韩又该走向何处？而另一边，小丁一直默默倾心小汪，再加上另一名少女小西默默地等候小丁归来，两条更为曲折的感情线索由此交织开来。