文久三年。倒幕派击败了佐幕派，时代的大船离开了刀光剑影的时代门槛——幕末已然落幕。作为刀剑男士的堀川国广和他的昔日战友和泉守兼定在连绵的小雨里沿崎岖山路飞速奔跑。凭借审神者的激励和支持，刀剑男士踏上了一条新的旅程，成为付丧神的角色。他们的使命是抵抗企图改变历史流向的反动势力，保证事件按照应有的路径演进。新加入的朋友包括陆奥守吉行、药研藤四郎、蜻蛉切和鹤丸国永一起步入这混乱的岁月，并投身到激烈的战斗之中来阻挡那些试图歪曲过去的人力。每次冷酷的斩击都会迸发出明亮的光辉；现在，刀剑男士已经整装待发。