自与戈鲁戈姆作战至今已有一年半时间，本应回归宁静的局面却被源自魔界克莱西斯帝国内部打破了。克莱西斯帝国的大将军杰克尝试招揽南国勇士光太朗加入他的队伍中作为下属士兵，但遭到了对方的谢绝后，大将军杰克决定剥夺掉所有关于光太朗变身的能力。随着这一特殊技能的失效，光太朗的身体飞出了大气层。正当他即将消散成微粒之时，一种难以辨识的能量光芒照射在其身上，体内的王者宝石也随之产生了变化，自此，光太朗转变为了被称为“太阳之子”的新一任光线勇者假面骑士BLACK RX，进而开启了一系列针对克莱西斯帝国的激烈斗争。