一如既往地踏上了修行之旅的小智（松本梨香配音）、小刚（上田佑司配音）、小霞（饭冢雅弓配音）等众人来到了充满激情比赛的水之城奥多摩雷。据说，在远古时期，岛上的一个老夫妇收留了两个流落的孩子兄弟能变成强大神奇宝贝的拉帝欧斯和拉帝亚斯，并且他们击败了恶龙并将代表守护之爱的心灵宝石分发给了民众。至今，这颗纯洁的心灵宝石仍然吸引了两姐妹盗贼（释由美子配音），想要找到拉帝亚斯（折笠富美子配音）。但是，在追赶的过程中未能成功，贪婪将要为这座城市带来前所未知的灾难……此片为《宠物小精灵》电影系列中的第五个剧场版。