1937年，日本军队进攻南京，战火之下，拥有六百多年历史的古城沦为一片废墟，众多市民和士兵被困其中难以脱身。在战乱中，约十余名由李教官（由佟大为主演）带领的国民政府机械化训练班级成员成功解救了几所教会学校中的女学生，却自此断了撤离的道路。经历浩劫而幸存下的淑娟（由张歆怡主演）以及其他学子返回至韦尔斯通教堂内；此时此刻，一名名为约翰·米勒（由克里斯蒂安·贝尔/Christian Bale出演）的美国人士已被雇用前往教堂接送已故牧师的棺木。当时城内四散逃亡的人潮不断涌向国际安全区及各宗教场所以求庇护，共有四位女性和其他十人不期而遇地来到此地避风头。她们之中的月默（由倪妮饰）能流畅地说英语，并期望通过约翰身份的帮助使这群人在未来的日子里获得更多安全保障。尽管如此，再厚实的墙壁也无法阻止日军日益临近的步伐，对所有藏匿于教堂的人来说，未来将是一场关乎生死的选择战役。