在顺治时期，明朝遗孀长平公主（即独臂神尼）欲复辟明王朝，利用朝廷搜寻忠诚后裔孔四贞之机，指使聪慧武功卓绝的门徒嘉三冒充孔四贞潜入皇宫，图谋除掉顺治帝。嘉三成功混入并得宠于孝庄皇太后之下，被认作义女，加封为和硕公主。虽表面风光无限，但内里危机重重。历经多番磨炼，在皇太后的庇护和个人才情的推动下赢得顺治信任的同时，对抚养年幼的太子玄烨产生了浓厚情感。就在她犹豫是否下手之时，贵嫔董小宛离世，紧接着顺治驾崩，玄烨继位成了康熙皇帝。其间，鳌拜觊觎朝政、云南叛首吴三桂筹备反动带来的挑战均遭到了伪孔四贞协助康熙解决，并在此过程中两人互生情愫。婚期将近，持有兵权的地方官孙延龄试图借旧日定下的童养媳关系逼娶；与此同时，一向推崇的贤士伍次友意外邂逅真正孔氏传人的身影——原来伪装成孔四贞的就是失踪已久的独臂神尼本人……这一系列复杂而纠结的关系终将真相大白，《康熙》一剧揭示了一代英主恢宏壮阔的政治生涯及其扑朔迷离的爱情传奇。