《康熙微服私访记3》保持了前作以古今对比讽喻时弊的风格，并延续了轻松幽默的历史剧特色。影片共分为“锦袍记”、“食盒记”和“铃铛记”三大段落。“锦袍记”中，康熙（张国立饰）派宦官三德子（赵亮饰）回乡查处贪腐官员，但因牵涉到家庭情谊而变得错综复杂。“食盒记”的矛盾源于宜妃（邓婕饰）亲属噶礼送的一份食品包裹引发的问题。“铃铛记”里，康熙甚至扮作普通百姓离宫私自行动。