在亚马逊森林深处，探险家夫妇图里奥（由罗德里格·桑托罗配音）和琳达（由莱斯利·曼恩配音）发现了几只近乎绝迹的蓝色斯皮克斯金刚鹦鹉。他们通过电视将这个重大消息传达给全世界，这让观看的女孩珠儿（由安妮·海瑟薇配音）和她的同伴布鲁（由杰西·艾森伯格配音）深受启发。珠儿建议带这些已经适应现代化生活的三只小鹦鹉回到它们祖先生存超过千年的地方，寻找它们失落的家庭。于是，一群鸟类立即出发，带领着成为好友的同伴踏上了一场既充满挑战也趣味横生的空中历险。与此同时，一个非法砍伐树木团伙看到报道之后，出于制止图里奥夫妇的行为目的秘密制定了他们的行动方案；另一方面，对布鲁怀有积怨已久的新喀鸦嘴鹦鹉奈杰也在寻求报复机会。