佩尔作为备受瞩目的蚂蚁男孩，在击败了宿敌“跳蚤”后，后者已被送入一家研究机构的监禁区。如今，正值十三岁的佩尔回首过往，早已适应了自己的超英角色。虽然幻想中的最佳伴侣艾达应是他未来的恋人，但在现实中，情况却复杂得多：她正面临来自校园内一位孤独的小男生的意外威胁——这位小男生既不愿融入集体也不愿屈从他人安排，并竭尽全力阻挠艾达走近佩尔；甚至更为棘手之处在于，此小子的实力远胜过此前的对手跳蚤。随着剧情进一步展开，令佩尔惊愕的是自身似乎已落入某种操控之下，同时他还必须应对更加严峻的新敌情——这新出现的强大人物拥有神秘莫测的能力、可以隐形且常将佩尔置于险境之中。在此紧要时刻，又一非同寻常的大反派宣告登场，使得佩尔直面着前所未见的巨大考。