工藤新一是一名知名的高中侦探，在追踪黑衣组织的过程中暴露了自己的位置并晕倒后服用了某种神秘药物，身形变小了。为了避免对手的反击，新一向外隐瞒了他的真正身份，并秘密收集证据以寻回自由的方法。某次，他的女朋友毛利兰前往博士家中询问有关新一的信息，处于焦虑状态的新一小心透露了自己的真实姓名为江户川柯南；因此从那时起，柯南就在毛利兰家住下来了。因毛利兰父亲毛利小五郎亦从事私人侦探工作，这使得新一开始有了机会能与其合作一同找出背后的真相。此外，在学校生活期间，柯南结识了一些同伴包括灰原哀以及世良杂弥尔等人，并共同组建了一个名为“少年侦探团”的队伍，旨在打击邪恶势。