魔法并非源于传说或童话中的神奇力量，而是近百年来发展的一种现代实用科技。今年春天，能够施放魔法的魔法师培训学校「魔法科高中」迎来了一届新的学生，其中有一位优美又完美的女生即将开始她在该校的学习生活，她的名字叫作司波深雪。面对这个全新的环境，深雪满怀着期望想象着能和作为新生的大哥——达也共渡令人向往的学生时代；然而，摆在她面前的是学校内无法跨越的一大障碍：第一学年与第二学年之巨大差异……从那个对大哥的情感超过家人的妹妹视角展开的故事，在这里再度上演《魔法科高中》。