鹿目圆（由悠木碧配音），一位平凡的中学生，生活在温馨的家庭之中，在日常生活中的她总是温柔而友善。但平静的生活被新的转学生晓美焰（斋藤千和配音）的到来所搅动。这个看似冷漠、体弱多病并有着乌黑长发的新同学仿佛隐藏着一些难以言说的故事。某日，圆在街上帮助了一只伤痕累累的独特生灵。更让人意想不到的是，这只 creature 能够用人类的语言进行沟通，并自称是丘比（加藤英美里配音）。丘比回头恳求圆与其结下契约，成为魔法少女。