故事的主线聚焦于女主角小樱（木之本樱）、她的伴侣小狼（李小狼）和朋友们在小学毕业后所经历的变化。一天晚上，小樱梦到53张樱之卡上的图案完全消逝，而一名陌生人出现后，克露萝卡片变成了碎片。醒来之后，她惊奇地发觉所有的克露萝卡片都变为了半透明状态。随后，在同伙伴们包括知世、小狼及爱丽奥共同研究讨论的过程中，小樱重新踏上了寻回这些透明化克露萝卡片的道路。