琪琪现已年满十三岁，依照魔法界的惯例，魔法少女应在十五岁那年离家修行一年。于是在这一天，她和她的宠物黑猫吉吉一同启程上路了。然而，这次的旅行却充满了波折，在他们到达一座靠近海边的大城市时，当地的民众表现得十分冷漠，没有丝毫的热情可言。不过幸运的是，琪琪的心灵始终保持着善良与热忱：每当有人丢失东西，她都会努力去寻找并归还失主。这一行为赢得了面包店女主人的信任和支持。从此开始，琪琪就在这家店铺里开始了运用飞行魔法为客人传递信件的工作，渐渐适应起了这里的生活环境。有一天，当一个对飞机制造有着浓厚兴趣的年轻人提出一起去参加飞翔动员会的时候，在帮了一位老太太拿物件的过程中遭遇了一场突如其来的暴雨。此后，琪琪发现自己的魔法能量好像变得越来越微弱了。