在不远的未来东京，存在导示重工和NSWF两大组织，它们的目标是夺得名为“极界刀刃”（WITCHBLADE）的超级武器。前者专注于研发超凡兵器，后者则通过操控遗传基因培养精英人类。两方都欲获得仅能由选定女子操纵并拥有无匹威力的极限装备。“3·11”地震六年后，青叶亚依和利穗子过着相濡以沫的日子，但随之而来的是被“极界刀刃”召唤出的黑暗力量以及异常残酷的命运。