位于东京西部郊区约占三成的土地上，居住着超过230万人口的大片地区，几乎全都是学生聚集的地方，这里被称为特异功能学习区。随着科技的高度发展，各种超能力已经深入城市的各个角落。作为一名持有最高级别Level 5能力的女孩御坂美琴（配音：佐藤利奈），她依然像往常一样生活在朋友中间，比如有初春饰利（配音：丰崎爱生）、白井黑子（配音：新井里美）等人陪伴身边，并时常因为正义感出手阻止威胁和平的行为。某天，在解决一起涉及卡片的事件时，她偶然认识了来自中央技术学院的新生布束砥信（配音：叶山郁美）。这次邂逅揭开了一个秘密：一项依赖于大量使用美琴的基因来批量生产具备独特能量的人类项目的存在，“大规模制造型能力者计划”，如今已成为公众关注的重大议题。这部作品根据镰池和马（原著作者）及其插画师冬川基共同创造的小说《魔法禁书目录》所改编，并将以漫画的形式推出第二个季的电视动画系列。