《女校通缉令》讲述了警局中的知名不幸兄妹“鼠标”和“键盘”。他们在没有多少功绩的情况下经常遭到投诉，彼此瞧不起对方，都希望换掉搭档。上司答应如果他们成功破获一起案件就考虑他们的请求。于是，在这兄妹俩主动申请之下，带着密探的身份来到一所贵族女子学校，旨在调查一起有关“面膜痴迷”的事件。得益于朋友菲奥娜的支持，虽然过程中闹了许多笑话，但通过化装成女生她们获得了不少便利并且逐步掌握了一部分证据。与此同时，好运降临在这对兄妹身上，使他们发现了学校的内部存在非法武器交易的情况。随着调查的推进，两人终于放下芥蒂，共同合作揭露事实真相。