《潘多拉的秘密》聚焦于1931年"九一八"事变之后日本占领东北及其侵华行为的历史情境下。该作品以“潘多拉”这一角色为引线，讲述了数名来自各异社会阶层的情报专家如何在国仇家恨和个人感情交织的情况下携手对抗敌人。到1934年底，三名曾被俘虏且被认为可能投靠敌方的前伪军机师——姜城、彭越及上官羽破经由国民政府的帮助得以脱困回到天津，并开始质疑自己队伍中的潜在内鬼身份。根据这条关键信息，上司命令琉璃子彻底查清嫌疑对象上官羽破的实际立场。尽管始终受到严密监控但表现卓越并且取得了重大进步的上官羽破赢得了琉璃子的心动，她对他也有一定好感；不过他仍保留着他与其他女性好友墨纯之间的长久恋情，这给两人带来了错综复杂的心理状态。时间逐渐流逝的同时，上官羽破接受并认可了共产主义的价值观，坚定不移地支持起了这种思想体系。在此阶段，国民党转而集中精力对付另外两个候选人，因而顺利发现了真正的叛徒姜城。随着1936年的结束及当时紧迫的局势恶化，尤其是因"西安事变"带来的反对派压力上升之时，心潮澎湃的上官羽破决定跟随琉璃子一道加入了中国共产党阵营，全力投入到抗击外侮解放民族的伟大战役当中。