《海港城》北区分局局长陈在天（由周渝民饰演）因一次误解牵扯进邱局的女儿，遂向调动至南区分局任职。在此地，他邂逅了新的合作伙伴——个性火爆的吴英雄（赵又廷饰）。吴正在侦办名为Daredevil的贩毒集团案件。当化验师蓝西英（张钧宁饰）在他的身体里发现毒品后迹并留意到了他的行为方式后，吴对陈的态度逐渐转为疏离。他们共同工作过程中认识了黑道大佬之女陈琳（陈意涵饰），初见时两人并不合拍，但在追缉嫌犯的过程中情愫渐长。某次在地下铁中的追逐戏码中，正是陈在天将陈琳从险境解救出来，不过那时陈琳错以为施援手的是吴，并对她心存好感。经历了一系列波折与误会之后，陈琳最终明白心中所系之人应属陈在天；然而此刻，陈在天仍在探究自身身世的秘密。