故事里，书生宁采臣为躲雨来到兰若寺却遭道士燕赤霞拒之门外。夜幕降临时，宁采臣被女子聂小倩清脆悠扬的琵琶曲所吸引，两人由此逐渐相知。但不知的是，小倩其实是受姥姥控制的妖怪灵魂，她正寻找强大宿主吸食其阳气。最终，燕赤霞站出来援助宁采臣对抗姥姥，协助这对人类与鬼魂之间的情侣终成眷属。