《仁医2》最终集延续了前一季的情节发展，在这个仿佛无尽的时间画卷里，历史的脚步依旧坚实且有条不紊地前行着。许多熟悉的人物相继出现，其中包括江户时代医生南仁（演员：大泽隆夫），其开设的诊所以“仁友堂”的名义渐渐走向正轨。一天，得知橘咲的母亲（演员：绫濑遥）深受常见湿疹之苦后，南仁决定致力于研发一款适合众人食用的药物来缓解该病症。紧接着，坂本龙马（演员：内野圣阳）亦来到他的诊所寻求帮助。为了支持龙马的事业，南仁陪同他一同赴京探望师长佐久间象山（他曾透露过一些令人大感震撼的消息）。禁门事变之后，整个京都满目疮痍；然而，仍坚守在一线实施援助行动的南仁被引领至萨摩藩，以救治重伤的西乡隆盛为契机，促成萨摩与长州两大势力间的结盟—这就是所说的‘萨长同盟’。身处于这样一个风云激荡的历史时期，南仁对自身在社会中的角色有了深刻的领悟。未来日子里，他将会重逢早些时候遇到的野风（演员：中谷美纪），并逐步解开那些尚待解答的谜团。