郝笑文（郝邵文 饰），一个富家子弟，带着刚认识不久的“宫女”丑妹以及后来加入的释小宝和小莹进入了忍者学校。贪财的忍校向郝笑文敞开了门扉，但对于小宝和小莹来说，则需要凭借自己的能力来赢得入学资格。四位新生，在忍师一元（吴孟达 饰）及二元的教导下开始学习忍者的技艺。这群淘气的孩子们无论是在日常生活还是学业上，总是不忘策划各种恶搞活动，使得练习飞镖投掷、学会潜泳乃至用餐也都变成了一个个充满笑声的小插曲；甚至那些催泪瓦斯也被这群孩子巧妙地用作了敛财的秘密工具，就连学校的校长（黄一飞 饰）也不幸成为过他们的受害者之一。一日，一位号称天下无敌忍者的中年男子来访，此君曾在十载前于一场忍者大赛中失利并从此一蹶不振，他在历经数年的刻苦训练之后，目的就是为了找到昔日的强手进行挑战，而这名曾经的强者竟然是现在的忍校教师——一元先生。面对这位寻仇者的请求，几个小朋友又会如何回应呢。