清廷将少林寺视为心头之患，并利用藏匿其中的情报人员所提供的消息，调集各路高手中计纵火烧毁少林寺，意图一举歼灭少林僧众。形势危急，寺中僧侣及俗家子弟尽管拼死抵挡仍伤亡无数。生还者方大洪（孟飞）逃往广东并联合李式开（戚冠军），共同策划颠覆清朝复辟明朝的大业。另有多人如胡德帝（姜大卫）、蔡德忠（狄龙）、马超兴（傅声）等奔赴中原，四处搜寻寺中的背叛分子，誓要为逝去的少林同道报仇雪恨。初时对少林武功的有效性有所怀疑，但他们后来意识到错误实则源于自身的懒惰未精进功夫。经过多年的艰苦修炼，他们终获成就，被世人尊称为“少林五祖”。