故事背景设定在巴西亚马逊丛林中，讲述了一群人在艰苦条件下寻找"丛林之心"的故事。船主勒贝克响应了阿曼达与其兄弟的请求，带领他们去追寻失踪已久的考古学者——阿曼达的父亲内森博士。薇拉则是内森公司派驻于此的代表人物，并担任兄妹间的独特角色。最终，轮到薇拉作出无私抉择，帮助父女俩逃脱困境并在途中强调人类应当尊重自然界。根据内森遗留的日志提示，探险队伍抵达传说中的圣地“桑赛伊达”，找到了象征森林核心地位的绿宝石。“桑赛伊达”之行展示了参与者的毅力和勇气以直面未知大自然的各种难题，同时也突显了环境保护的重要性。电影中，阿曼达和薇拉经受了许多生离死别的考验，包括遭遇毒箭蛙、食人鱼、巨蟒及巨大蜘蛛攻击，还面临敌人部落的危险，这些紧张刺激的情节使《神秘奇航》成为一部兼备冒险精神和社会意识的作品，彰显了人性的伟大同时呼吁更多的人重视生态保育的问题。