该故事背景设定在十世纪的波斯，一位来自英格兰的人物假扮成基督徒以学习医术，并加入了只为接收犹太学生开放的医学院校。其指导老师是名唤阿维森纳的历史上著名的犹太学者兼思想家医师。阿维森纳著有逾两百部著作，《哲学、科学大全》乃其中最知名的一册，当时被誉为极高的综合性知识库；此外他还编写了《医典》，这部杰作为时至十六世纪仍被视作欧洲医疗领域的权威文献且极具参考价值。影片《神医》结合了历史背景和虚构情节，展示了那个年代人们对真知的探寻精神以及面对愚昧与偏见的决心。