这是一部设定在五十年后的故事背景中，在这个世界，“神”已经被“荒神”吞噬，化为一片荒芜之地。由于一次突如其来的由“荒神”引发的大乱打破了一切规则和秩序。虽然之前的人类武器因它们天生倾向于“捕食”，未能发挥作用，但是生物科技公司“芬里尔”利用荒神的基因物质成功开发出了新的生物武器—名为“神机”。同时，一支特殊的部队“GOD EATER”也随之成立。自此以后，人类具备了对抗荒神的能。