康Sir这位经验丰富的警官意外遇难，在生命最后时刻销毁了所有特务文件，保护了一线同事的安全。之后，司法部门着手恢复资料并重新建立与隐藏者的信息联系。阿钉女特工（由佘诗曼扮演）收到康Sir留下的密信，受搭档、刑警男友阿Q（吴镇宇饰）指导，开始探寻该匿名特工的身份。另一方面，反派核心成员阿蓝（张家辉饰）和邵志朗（古天乐饰）联手打击竞争对手。这两人有血缘纽带且深得年轻人敬重，正处在职业顶峰。然而警方的查探令阿蓝怀疑内部分裂的可能性。