在太一和他的同伴离开发数字界后，该地并没有完全关闭通往人类的世界的大门；不过，很快，发数字界的秩序再次陷入混乱，并出现了纷争。为维护两界间的和谐稳固，发数字界迫切需要一些选定儿童来担任守卫角色。伴随太一及其他成员各自步入中学阶段，他们已无暇再专心对付敌人的挑战。最终存活下来的新生领导者是阿武和小光。这批被选中的孩子中有本宫大辅（配音演员：木内玲子）、井之上京（配音演员：夏树莉绪）和火田伊织（配音演员：夏树惠）。除了继续陪伴着它们的老友亚古兽及加布兽之外，在新一代战士的带领下，新的合作伙伴也加入了抗击邪恶势力的战斗行列。