科学家本（由Zach Galifianakis扮演），属于一个隐秘的政府机构，借助高级技术训练老鼠进行交流和思考，并将它们培养成间谍。然而，他所在的小组可能面临被联邦调查局解散的风险。为了证明自己的价值，本命令老鼠突击队队长达尔文（Sam Rockwell配音），带着成员布拉斯特（Tracy Morgan配音）、华蕾丝（Penélope Cruz配音）、苍蝇莫奇、还有斯贝克斯（Nicolas Cage配音），潜入塞伯伦公司CEO罗纳德·塞伯（Bill Nighy饰演）的办公室收集证据——关于罗纳德私自向中东销售可用于军事装备的技术型芯片的信息。怀着无所畏惧的心态，在卓越能力的帮助下，这群体型小巧的老鼠深入敌方内部获得必要文件，而他们的风险远远超过想象。
